En cuanto terminó la visita oficial de Bush se comenzó a hablar de la actuación irregular de los cuerpos policiales, que incluyó además de los abusos físicos la firma de declaraciones autoinculpatorias bajo presión. Algunos de los detenidos fueron liberados poco a poco, sin embargo el 24 de marzo le fue dictada formal prisión a 19 de ellos. Para el 4 de abril el colectivo U-Lool Tán denunció que aún había 23 detenidos.

El 5 de mayo la alcaldía de Mérida ofreció el “perdón” a los altermundistas a cambio de desistirse de sus demandas ante la Comisión local de derechos humanos y en el contexto de la recta final de las elecciones locales. El 7 de mayo la alcaldía dio por reparados los daños y se desistió del proceso, tras lo cual los jóvenes pudieron salir bajo fianza.

En mayo de 2006, como cada año, los maestros de la entidad realizaron movilizaciones enmarcadas en la revisión anual del contrato colectivo de trabajo. El gobierno del estado, encabezado por Ulises Ruiz, se negó a negociar con ellos y la noche del 14 de junio implementó un violento operativo para desalojar a los manifestantes.

En octubre las hostilidades se incrementaron y desembocaron en diversas agresiones por parte de cuerpos parapoliciales. Especialmente grave fue el día 27 cuando murieron 3 personas en el marco de un paro estatal. Posteriormente la PFP ocupó el centro de Oaxaca lo que generó nuevos enfrentamientos.

Por la intensidad del conflicto social hubo una constante participación de defensores de derechos humanos, quienes documentaron la evolución del conflicto. Especialmente relevante fue el trabajo de la Red Oaxaqueña de Derechos Humanos (RODH) y de la oficina en Oaxaca de la Liga Mexicana por la Defensa de los Derechos Humanos (Limeddh). A lo largo del conflicto estos activistas sufrieron distintos tipos de hostigamientos. También documentaron los hechos la 5ª misión de la CCIODH y AI, quienes presentaron sendos informes relacionados con los hechos. A raíz de los acontecimientos se creo el Comité de Liberación 25 de noviembre, en el que participan ciudadanos oaxaqueños, entre ellos el pintor francisco Toledo.

Como resultado del conflicto han sido documentadas hasta 26 muertes y numerosos heridos y detenidos. Se habla de un total de más de 500 presos a lo largo del conflicto, de los cuales 34 aún están en proceso. Además de la violencia física ejercida por los cuerpos policiales contra los detenidos, trascendió que los presos masculinos habían sufrido abusos sexuales durante su traslado.

Si bien con el inicio de 2007 se redujo la intensidad del conflicto tras la incursión de la PFP, continuaron las detenciones. En abril fue detenido David Venegas acusado de portación de drogas. Finalmente en agosto el Comité 25 de noviembre acusó la detención arbitraria de uno de sus abogados, Alejandro Loyola.

La CNDH presentó su informe sobre los hechos a la Secretaría de Gobernación (Segob), para que hiciera comentarios el 6 de marzo antes de presentarlo a los diputados el día 15 del mismo mes. Finalmente, el 24 de mayo fue presentada la recomendación 15 que fue criticada por reconocer sólo a 12 muertos en el marco del conflicto y a ninguno de los 30 desaparecidos denunciados por la APPO. Entre el 12 y el 13 de junio la recomendación fue aceptada por la mayoría de las autoridades involucradas, sin embargo los afectados han señalado que no existe un cambio real en la situación. El 19 de agosto fue liberado Horacio Sosa, hermano y coacusado de Flavio Sosa. Con motivo del aniversario de los hechos se dieron nuevos enfrentamientos.

San Salvador Atenco, Estado de México / 3 y 4 de mayo de 2006

Con el antecedente de haber resistido un proceso expropiatorio por medio del cual se les pretendía despojar de sus tierras para la construcción del nuevo aeropuerto de la Ciudad de México, los ejidatarios de San Salvador Atenco agrupados en torno al Frente de Pueblos en Defensa de la Tierra (FPDT), alcanzaron dimensión nacional y entablaron acuerdos de colaboración y solidaridad con distintos movimientos –especialmente la Otra Campaña—y colectivos.

El 3 de mayo acudieron a apoyar a un colectivo de floristas al mercado de Texcoco, quienes habían acordado con las autoridades un permiso para vender sus productos en el exterior. Fueron recibidos por un grupo de policías estatales y municipales que los desalojaron, tras lo cual se desató un enfrentamiento en el que posteriormente se involucró la Policía Federal Preventiva (PFP). Al terminar el día los ejidatarios se replegaron hacia su pueblo, en donde recibieron el apoyo y la solidaridad de varias personas que llegaron hasta ahí.

Por la mañana del 4 se orquestó un operativo coordinado para tomar el poblado y detener a todos los miembros o simpatizantes del FPDT. En éste participaron 700 elementos de la PFP; 1,815 miembros de la Agencia de Seguridad Estatal (ASE); y al menos nueve policías municipales de Texcoco. Como resultado del operativo 2 personas perdieron la vida y 211 fueron arbitrariamente detenidas. La Comisión Nacional de Derechos Humanos (CNDH) documentó 23 casos de abusos sexuales contra detenidas.

Tras los hechos, diversos organismos nacionales e internacionales denunciaron y documentaron la gravedad de los abusos. La recomendación emitida por la CNDH determinó la existencia de detenciones arbitrarias, tratos crueles, inhumanos o degradantes y lesiones, allanamientos de morada, retenciones ilegales, incomunicación, tortura, violación a la libertad sexual (abuso sexual y violación), así como violaciones al derecho a la vida, a los derechos de los menores y a los derechos a la legalidad y seguridad jurídica. También se dio la 4ª visita de la Comisión Civil Internacional de Observación por los Derechos Humanos (CCIODH) quién emitió un informe respecto al caso.

Con relación a estos hechos fueron recluidas 31 personas en los penales de Molino de Flores, Santiaguito y CEFERESO 1 “Altiplano”, de las cuales hasta ahora permanecen presas 26. Ninguno de los mandos ha sido detenido, ni ha habido avances en las investigaciones de los abusos policiales para investigar la cadena de mando y delimitar las responsabilidades de las autoridades estatales y federales a cargo del operativo.

Se ha dictado una sentencia de 67 años contra Ignacio del Valle Medina, Héctor Galindo Gochicoa y Felipe Álvarez Hernández por secuestro equiparado.

También se han dado algunas liberaciones entre las que destaca la de Arnulfo Pacheco –el 21 de septiembre de 2006--, quien fue detenido en su casa acusado del secuestro de policías a pesar de estar aquejado por una enfermedad degenerativa que afecta el sistema nervioso y que le impedía no sólo caminar, sino articular una palabra. También fue liberada –el 9 de noviembre 2007— Magdalena García Durán, indígena mazahua que había sido declarada presa de conciencia por AI. El 2 de enero de 2008 César del valle ganó la primera instancia de un amparo por los dos delitos que se le imputan. El 25 de enero fueron liberados otras siete personas relacionadas con los hechos. Más de veinte continúan en prisión

Lázaro Cárdenas, Michoacán / 20 abril de 2006

Guadalajara, Jalisco / 28 de mayo de 2004

Posteriormente a los hechos la CNDH, Amnistía Internacional (AI), Human Rights Watch (HRW), el Alto Comisionado de la ONU, miembros del Parlamento Europeo y diversos organismos nacionales de derechos humanos presentaron informes en los cuales se documentaron detenciones arbitrarias, retenciones ilegales, incomunicación, tratos crueles y degradantes así como tortura.

La voluntad política de aclarar los hechos ha estado amarrada a la suerte del ex gobernador Francisco Ramírez Acuña, señalado como el principal responsable de la represión. El viernes 3 de noviembre de 2005 salió de la cárcel la última de las personas presas por los hechos. Sin embargo continúan pendientes alrededor de 25 resoluciones de apelación o amparo. Sólo uno de los detenidos ha obtenido su libertad plena y fue absuelto de los delitos que se le imputaban.

Después de un debate intenso al respecto, el gobernador Emilio González Márquez anunció el 18 de diciembre de 2007 que se abrirá una investigación oficial en torno a los hechos, a petición del ombudsman nacional José Luis Soberanes. Sin embargo, para dar una idea del margen de impunidad al respecto, Luis Carlos Nájera, Secretario de Seguridad Pública Municipal y parte de los mandos que dirigieron el operativo es hoy Secretario de Seguridad Pública estatal.

Aguas Blancas, Guerrero / 28 de junio de 1995

Miembros de la Organización Campesina de la Sierra del Sur  (OCSS) viajaban a Atoyac de Álvarez en dos camiones. Al acercarse al vado de Aguas Blancas, uno de los camiones fue detenido por agentes policiales estatales, quienes obligaron a los campesinos a descender de los camiones y acostarse en el piso. Al llegar el otro camión, sus ocupantes fueron obligados a bajar. En el momento de descender, los policías comenzaron a disparar indiscriminadamente, ejecutando a 17 personas y dejando a otras gravemente heridas. Los policías colocaron armas de fuego a los muertos, para argumentar que se había producido un enfrentamiento.

En 1998 la PGR presentó un “libro blanco” en el que atribuía la masacre a conflictos intra e intercomunitarios. En 2001 comienza el retorno de los desplazados y es retirada una de las 19 bases militares. En diciembre de 2006 un grupo de juristas del Centro de Investigación y Docencia Económicas (CIDE)  asume la defensa de los procesados.

El Centro Fray Bartolomé de las Casas informa que a diez años de la masacre han sido sometidos a proceso 11 funcionarios de bajo nivel y 87 civiles indígenas, quedando pendientes de cumplimentar 27 órdenes de aprehensión. 27 de ellos han sido condenados definitivamente a penas de entre 35 y 40 años de prisión y 49 más han sido sentenciados a 26 años de prisión este año, aunque en noviembre un juez redujo la pena a 25 años. 2 inculpados fueron liberados por “razones humanitarias”.

A 10 años de los acontecimientos, las hostilidades se han recrudecido en torno a las comunidades zapatistas, ante la baja en la atención que prestan al movimiento los medios de comunicación. A lo largo del año han sido constantes y consistentes las denuncias de diversas comunidades, señalando que los grupos paramilitares se están rearticulando.

Al aproximarse el aniversario de los hechos Héctor Aguilar Camín abrió la polémica al publicar una serie de artículos en donde sustenta la tesis del conflicto intercomunitario. A partir de ello se desata un debate entre las víctimas, organismos de derechos humanos y algunos intelectuales, contra la tesis de Aguilar Camín. Al mismo tiempo los abogados del CIDE comenzaron una intensa campaña en medios electrónicos para exponer su tesis de que los inculpados son inocentes. Se han señalado acciones de la iglesia presbiteriana para liberar a algunos de sus fieles que han sido condenados.

En noviembre el gobierno estatal anunció una nueva investigación y el día del aniversario fue aprehendido Antonio Sántiz López, cabeza de los paramilitares de Chenalhó, en una acción que fue interpretada como un intento por acallar las voces críticas.